《中華人民共和國環境保護稅法》已由第十二屆全國人民代表大會常務委員會第二十五次會議于2016年12月25日通過，自2018年1月1日起施行。根據稅法授權，2017年11月29日自治區人大第十二屆人民代表大會常務委員會第三十三次會議通過《新疆維吾爾自治區人大常委會關于確定自治區環境保護稅應稅大氣污染物、水污染物使用稅額和征稅范圍的決定》。為確保全疆環境保護稅順利開征，自治區人民政府印發了《關于環境保護稅稅收歸屬有關事宜的通知》，對環境保護稅收入歸屬明確如下：
一、為充分調動各地州市稅收資金收繳的積極性和治理環境污染的責任意識，進一步加強保護和改善環境工作力度，增加環境保護投入，自治區人民政府決定，按照屬地原則，環境保護稅全部留歸各地(州、市)，繳入各地(州、市)本級國庫，納入一般公共預算管理，自治區暫不參與分享。
二、兵團轄區原排污費改征環境保護稅后，全部繳入自治區級國庫。根據中央確定的稅收分成辦法，以2015年兵團所轄市排污費完成數為基數，實行超基數增量分成。
